Viele Verfahren der Physiotherapie haben ihren Ursprung weit zurückliegend. Archäologische Funde zeigen, dass Thermal- und Mineralquellen schon bereits in frühgeschichtlicher Zeit genutzt wurden. Verschiedene Formen der Massage und medizinischer Bäder kannte man bereits vor circa 4000 Jahren in China. Erst Hippokrates vertrat verschiedene medizinische Auffassungen, die sich heutzutage in der Physiotherapie wieder finden. Er verstand den lebendigen Leib als Organismus, Gesundheit als Gleichgewicht und Krankheit als gestörten physischen und psychischen Gesamtzustand. Seine Überzeugung war, dass die Natur eine Heilkraft besitzt.

Im 18. Jahrhundert fanden erste Medikamente zwar Anklang, brachten allerdings auch Gefahren mit sich. Mancher Arzt propagierte die Anwendung von Mineralwässern, Heilbädern und der Hydrotherapie (Wassertherapie). Dies setzte sich im 18. Jahrhundert weiter fort, die Beliebtheit der Hydrotherapie stieg an. Vor allem in Deutschland erlebte die Wassertherapie einen wahren Boom. Der Urvater der Hydrotherapie, Sebastian Kneipp, entwickelte eine einfache Lebensregelung, kombinierte sie mit der Anwendung pflanzlicher Medikamente und einer Gesundheitserziehung. Für die Kneippschen Methoden interessierte sich schliesslich auch die Wissenschaft. So kam die Physiotherapie an die Universitäten, zunächst nach Wien, später nach Zürich, München und Berlin.

Der Begriff «Krankengymnastik» wurde in Deutschland im Jahre 1994 durch den Begriff «Physiotherapie» im Rahmen einer Novellierung der Berufsgesetze bundesweit abgelöst. Grund dafür war die Anpassung an den internationalen Sprachgebrauch und die Zusammenführung der west- und ostdeutschen Heilberufe nach der Wiedervereinigung.